Llevaba un tiempo buscando los subtítulos en español de Entre les murs, y al fin los encontré (descarga).
Para pegarlos en Linux puedes emplear Avidemux, aunque yo prefiero mencoder. Si no lo tienes instalado:
sudo aptitude install mencoder
Para añadir subtítulos, renombra la peli (archivo AVI) y los subtítulos (archivo SRT) para que ambos tengan el mismo nombre (por ejemplo: La_clase.avi y La_clase.srt) y colócalos en una misma carpeta.
Colócate en esta carpeta y teclea en una sola línea (asumiendo que la película sin subtítulos es La_clase.avi y la subtitulada se llamará EntreLesMurs.avi:
mencoder -sub La_clase.srt -subcp iso-8857-9 -ovc xvid -xvidencopts bitrate=687 -oac copy -o EntreLesMurs.avi La_clase.avi