Si te has limitado a una instalación estándar de GNU/Linux, sea o no Ubuntu, seguramente tu sistema está usando unos drivers genéricos para tu tarjeta gráfica. A diferencia de Win, que desde el principio aprovecha los drivers del fabricante (ya sea desde la propia instalación de Win o desde un CD que viene con la tarjeta), Linux echa mano de drivers abiertos.
Los usuarios más puristas y concienciados se quedan con estos, evitando los drivers propietarios del fabricante. Cuestión de principios. Si tú eres de los que consientes o transiges, puedes instalar los drivers propietarios, que añaden aceleración 3D a tu sistema y en general un manejo gráfico más fluido que realmente se nota y se agradece.
Normalmente, el proceso de instalación de GNU/Linux detecta el tipo de tarjeta. Para sustituir posteriormente los drivers genéricos por los específicos, en Ubuntu puedes hacerlo:
desde Automatix
desde Sistema -> Administración -> Gestor de controladores restringidos
También Ubuntu te invita a hacerlo cuando vas a activar los llamados Efectos de escritorio y que no son otra cosa que Compiz y Beryl (Sistema -> Preferencias -> Efectos de escritorio)
Por lo que he leído, los drivers de ATI son más peleones de los de Nvidia. En mi caso, la instalación de los drivers propietarios de Nvidia ha mejorado notablemente el funcionamiento gráfico del sistema. Sólo me generó un error a la hora de reiniciar; pero al segundo reinicio ya se estabilizó y desde entonces sin ningún problema.