A punto de liberarse una herramienta con muy buena pinta: mxGraph.
Independiente del servidor, no necesita plugins ni instalación en el navegador, multiplataforma… como todas las utilidades hechas con JavaScript.
Falta ver el peso, porque la aplicación se parece a las interfaces de Fireworks o demás programas de edición de imágenes.
Si quieres hacerte una idea de cómo se desenvuelve tienes una demo en forma de vídeo que ilustra muy bien su funcionamiento.
Visto en eHub